Removed Makefile.sample.

The user should not manually edit the makefile. It is created at
configure time and is ensured to be consistent with the system setup.

Makefile.sample

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-                          MOON MAKEFILE
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-#
-# Optional Environment variables
-# MOOSE_DIR     - Root directory of the MOOSE project
-# FRAMEWORK_DIR - Location of the MOOSE framework
-#
-###############################################################################
-MOON_DIR           ?= $(shell dirname $(dirname $(pwd)))
-MOOSE_DIR          ?= $(MOON_DIR)/moose
-FRAMEWORK_DIR      ?= $(MOOSE_DIR)/framework
-###############################################################################
-
-# framework
-include $(FRAMEWORK_DIR)/build.mk
-include $(FRAMEWORK_DIR)/moose.mk
-
-################################## MODULES ####################################
-SOLID_MECHANICS   := no
-CONTACT           := no
-HEAT_CONDUCTION   := yes
-WATER_STEAM_EOS   := no
-MISC              := no
-PHASE_FIELD       := no
-XFEM              := no
-include           $(MOOSE_DIR)/modules/modules.mk
-
-################################## MOON ########################################
-
-# nek
-include            moon.mk
-APPLICATION_DIR    := $(CURDIR)
-APPLICATION_NAME   := $(CASENAME)
-MAIN_DIR           := $(MOON_DIR)/src
-BUILD_EXEC         := yes
-DEP_APPS           := $(shell $(FRAMEWORK_DIR)/scripts/find_dep_apps.py $(APPLICATION_NAME))
-include            $(FRAMEWORK_DIR)/app.mk
-
-###############################################################################
-# Additional special case targets should be added here